Ursprünglich wurde der Bindenwaran von Robert Mertens um 1942 zusammen mit dem Großwaran (Varanus giganteus), dem Goulds-Waran (Varanus gouldii), dem Mertens-Wasserwaran (Varanus mertensi), dem Spencers Waran (Varanus spenceri), dem Komodowaran (Varanus komodoensis), dem Buntwaran Varanus varius, dem Pazifikwaran (Varanus indicus), dem Sepik-Waran (Varanus jobiensis) (ehemals Varanus karlschmidti) und dem Mitchells Waran Varanus mitchelli in die Untergattung Varanus gestellt. Hieran wird inzwischen verstärkt gezweifelt, da die Untergattung Varanus, die vier bis fünf verschiedene Stammlinien beinhaltet, offenbar nicht monophyletisch ist.

In jüngster Zeit wurden weitere Modelle aufgestellt, die das Mertensche Modell auflösen könnten. Viele der von Mertens um 1942 selektierten Merkmale sind konvergenzanfällig und somit für die Erstellung einer phylogenetischen Systematik eher ungeeignet. Ein besser geeignetes Merkmal könnten die Hemipenes sein, die vielfach Ornamentierungen aufweisen, die keinen ersichtlichen Zweck erfüllen und somit kaum konvergenzanfällig sind. Demnach gehört der Bindenwaran in eine eigene Untergattung, da die Struktur seines Hemipenis keinem anderen Waran ähnelt. Eine Karyotypenuntersuchung stellte den Bindenwaran in eine neue Gruppe, zusammen mit dem Gelbwaran Varanus flavescens, dem Bengalen-Waran Varanus bengalensis und dem Rauhnackenwaran (Varanus rudicollis). Molekularbiologische Untersuchungen ordnen ihn in ein indo-asiatisches Subtaxon zusammen mit V. dumerilii, V. bengalensis, V. olivaceus und V. prasinus. Nach Ziegler & Böhme (1997) und Böhme (2003) gehört der Bindenwaran in die Untergattung Soterosaurus.

Zur Zeit werden sieben Unterarten anerkannt:

• V. s. salvator (Laurenti 1768) – Sri Lanka, Malaiische Halbinsel, Vietnam, Laos, Thailand, Kambodscha, Burma, Bangladesch, Nordostindien, Sumatra, Borneo
• V. s. andamanensis (Dereniyagala 1944) – Andamanen
• V. s. bivittatus (Kuhl 1820) – Bali, Flores, Java, Lombok, Ombai, Sumbawa und Wetar
• V. s. cumingi (Martin 1838) – Basilan, Bohol, Cebu, Leyte, Mindanao und Samar
• V. s. komaini (Nuthpand 1987) – Thailand
• V. s. marmoratus (Wiegmann 1834) – Calamian, Luzon, Mindoro, Palawan und die Inseln des Sulu-Archipels
• V. s. nuchalis (Günther 1872) – Cebu, Guimaras, Masbate, Negros, Panay und Ticao
• V. s. togianus (Peters 1872) – Togian